Está en la plaza de la Magdalena. En ella se encuentra la famosa fuente origen de las leyendas del Lagarto de Jaén. Es la iglesia con mayor antigüedad, del gótico tardío o gótico isabelino, fue construida a inicios del siglo XVI sobre una vieja mezquita de la ciudad.

El origen de esta Iglesia es en una mezquita de gran antigüedad establecida en el siglo VIII por Abderramán II, de la cual todavía se conservan las 4 naves y el patio. Mantiene unos arcos de herradura y otros de medio punto.